คำว่า”มาราธอน”มาจากตำนานของPheidippides , ผู้ส่งข่าวสารชาวกรีก ตำนานกล่าวว่าเขาถูกส่งจากสนามรบในเมืองมาราธอนไปเอเธนส์เพื่อที่จะประกาศพวกเปอร์เซียได้พ่ายแพ้ในการต่อสู้ที่เมืองมาราธอน (หลังจากเพิ่งรบเสร็จ) ซึ่งเหตุการณ์นี้เกิดขึ้นในเดือนสิงหาคมหรือกันยายน, 490 BC มันเป็นเรื่องที่น่าเศร้าที่เขาวิ่งมาตลอดทั้งทางโดยไม่หยุดพักและเมื่อถึงเมืองเอเธนส์เขาก็ได้ร้องตะโกนคำว่า “νενικηκαμεν (nenikekamen)” (“เราwοn”) ก่อนที่จะล้มลงและตาย บันทึกในเรื่องของการวิ่งจาก มาราธอนไปเอเธนส์ ปรากฏครั้งแรกใน Plutarch’s On the Glory of Athens ในศตวรรษที่ 1 ซึ่งได้อ้างคำพูดจาก Heraclides Ponticus’s lost work, ได้บอกชื่อของนักวิ่งคือ Thersipus of Erchius หรือ Eucles Lucian of Samosata (ศตวรรษที่ 2 AD) ก็ได้กล่าวถึงเรื่องนี้ แต่ชื่อของของนักวิ่งคือ Philippides (ไม่ใช่ Pheidippides)

มีข้อถกเถียงกันเกี่ยวกับความถูกต้องทางประวัติศาสตร์ของตำนานนี้ นักประวัติศาสตร์กรีก Herodotus (แหล่งข้อมูลหลักเกี่ยวกับสงครามกรีกเปอร์เซีย) อ้างว่า Pheidippides เป็นผู้ส่งสารที่วิ่งจากกรุงเอเธนส์ไปสปาร์ตาเพื่อขอความช่วยเหลือ แล้ววิ่งกลับเป็นระยะทางไปกลับรอบละกว่า 240 กิโลเมตร (150 ไมล์) ในบางต้นฉบับ Herodotus บอกว่าชื่อของนักวิ่งที่วิ่งระหว่างกรุงเอเธนส์และสปาร์ตาได้รับก็คือ Philippides โดยไม่เอ่ยถึงการถึงเรื่องผู้ส่งสารจาก Marathon ไปยังเอเธนส์ แต่กล่าวถึงตอนสำคัญเกี่ยวกับกองทัพชาวเอเธนส์ว่า ได้รับชัยชนะจากการต่อสู้ที่ยากลำบากและกังวลว่าอาจจะมีการโจมตีโดยกองเรือของเปอร์เซียกับกองทัพของชาวเอเธนส์ที่กำลังหมดแรงลง,จึงรีบทำการเดินทัพกลับมายังเมืองเอเธนส์, โดยเดินทางกลับมาถึงเมืองในวันเดียวกัน

ในปี 1879 โรเบิร์ตบราวนิ่งเขียนบทกวีที่ชื่อว่า Pheidippides บทกวีของบราวนิ่งเป็นบทกวีที่ได้รับความนิยมอย่างมากในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ซึ่งเป็นช่วงที่เรื่องเกี่ยวกับวัฒนธรรมกำลังเป็นที่นิยม และบทกวีของเขาก็ได้รับการยอมรับในฐานะตำนานประวัติศาสตร์ฉบับหนึ่ง

ภูเขา Penteli ตั้งอยู่ระหว่างเมืองมาราธอนและเอเธนส์ซึ่งหมายความว่า ถ้า Pheidippides ได้ทำการวิ่งดังกล่าวจริงหลังจากการต่อสู้ เขาจะต้องวิ่งไปรอบ ๆ ภูเขา ไม่ว่าจะทางทิศเหนือหรือทิศใต้ ซึ่งเส้นทางดังกล่าวเกือบจะเหมือนพอดีกับ เส้นทางหลวงที่เชื่อมระหว่างเมืองมาราธอนทางกับเมืองเอเธนส์ในปัจจุบัน เส้นทางนี้ทอดยาวจากพื้นที่บริเวณทางทิศใต้จากอ่าว Marathon เลียบไปตามแนวชายฝั่งแล้วเลี้ยวจากทิศทางตะวันตกไปยังทางทิศตะวันออกเพื่อไปยังเมืองเอเธนส์ โดยขึ้นจากเชิงเขาระหว่าง Mounts Hymettus และ Penteli แล้วลงไปยังเมืองเอเธนส์ เส้นทางนี้มีระยะทาง ประมาณ 40 กิโลเมตร (25 ไมล์) (เส้นทางนี้ยังคงมีอยู่เมื่อการแข่งขันกีฬาโอลิมปิคได้ถูกจัดขึ้นมาในปี 1896) และเป็นระยะทางต้นกำเนิดที่ใช้สำหรับการแข่งขันวิ่งมาราธอน อย่างไรก็ตามมีการตั้งข้อสังเกตว่า Pheidippides อาจจะใช้เส้นทางอื่นคือ วิ่งขึ้นลงไปตามเนินเขาทางทิศตะวันตกตามแนวทิศตะวันออกและทางตอนเหนือของภูเขา Penteli ผ่าน Dionysos และจากนั้นตรงไปทางทิศใต้ ตามเส้นทางลงเขาไปยังเมืองเอเธนส์ แม้ว่าเส้นทางนี้จะสั้นกว่าคือ 35 กิโลเมตร (22 ไมล์) แต่ต้องวิ่งไปตามทางสูงชันมากมากกว่า 5 กิโลเมตร (3.1 ไมล์)